Dôležitou súčasťou Domky sú aj duchovné aktivity, ktoré napomáhajú mladým spoznávať svoje vnútro, problémy, ktorým čelia a nachádzať ich riešenia.
Domka je organizáciou založenou na kresťanských princípoch, preto zdôrazňujeme potrebu mladých duchovne rásť. Na mnohých strediskách sa pravidelne konajú duchovné obnovy a duchovné cvičenia pre mladých od 15 rokov.